Η εικοσάχρονη πορεία του Ιδρύματος Κόκκαλη σηματοδοτήθηκε από σημαντικές συνεργασίες. Η συμμετοχή του Ιδρύματος στο Παγκόσμιο Οικονομικό Συνέδριο Νοτιοανατολικής Ευρωπαϊκής Συνάντησης το 2003,  το Πρόγραμμα Υποτροφιών για Ιορδανούς φοιτητές στο Athens Information Technology, που εγκαινίασε σε ειδική τελετή η Βασίλισσα Ράνια το 2005, καθώς και η επέκταση του προγράμματος το 2009,  η συνεργασία μεταξύ του Ιδρύματος Κόκκαλη και του Ευρωπαϊκού Ινστιτούτου του Πανεπιστημίου Bilgi  της Κωνσταντινούπολης στον τομέα Ελληνικών και Τουρκικών Σπουδών το 2008,  και οι βραβεύσεις Ελλήνων επιστημόνων που έχουν διακριθεί στο εξωτερικό, όπως του Δρ. Θανάση Οικονόμου, καθηγητή αστροφυσικής στο Πανεπιστήμιο του Σικάγο και επιστημονικό συνεργάτη της NASA το 2009, και του κ. Ευθύμιου Μητρόπουλου Γενικού Γραμματέα του Διεθνούς Ναυτιλιακού Οργανισμού (IMO) των Ηνωμένων Εθνών, το 2010, (κατά τη διάρκεια του ετήσιου βραβείου ΝΙΚΗ που καθιέρωσαν και διοργάνωσαν οι Φίλοι του Athens Information Technology), είναι μερικές μόνο από τις συνέργειες.