Στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων του Ιδρύματος Κόκκαλη και ιδίως στο πλαίσιο της ενίσχυσης δράσεων καινοτομίας, το Ίδρυμα συμμετέχει σε πρόγραμμα ενίσχυσης δράσεων επιχειρησιακών ομάδων, ώστε να συμβάλει στην προώθηση της καινοτομίας στον αγροδιατροφικό τομέα, το περιβάλλον και την κλιματική αλλαγή.

Ήδη βρίσκεται σε εξέλιξη το Πρόγραμμα Αγροτικής Ανάπτυξης (ΠΑΑ) περιόδου 2014-2020, το οποίο περιλαμβάνει μεταξύ άλλων το Μέτρο 16 «Συνεργασία», καθώς και τα Υπομέτρα 16.1-16.2 για «Ίδρυση και Λειτουργία Επιχειρησιακών Ομάδων της Ευρωπαϊκής Σύμπραξης Καινοτομίας για την Παραγωγικότητα και τη Βιωσιμότητα της Γεωργίας» σε εθνικό και διακρατικό επίπεδο και 16.1-16.5 για «Συνεργασία για περιβαλλοντικά έργα, περιβαλλοντικές πρακτικές και δράσεις για την κλιματική αλλαγή» σε περιφερειακό και εθνικό επίπεδο.