Για πέμπτη συνεχή χρονιά διεξήχθησαν και φέτος τα θερινά σεμινάρια στην Αρχαία Ολυμπία κατά το χρονικό διάστημα 26 Ιουνίου με 10 Ιουλίου 2006. Για τη φετινή διοργάνωση το Ίδρυμα Κόκκαλη συνεργάστηκε με τα Πανεπιστήμια των ΗΠΑ, Yale και Duke, με το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας και το Πανεπιστήμιο της Πάτρας, με τον Δήμο της Αρχαίας Ολυμπίας και το Διεπιστημονικό και Διαπολιτισμικό Κέντρο Ολυμπίας.
Το πρόγραμμα των σεμιναρίων απαρτιζόταν από δύο θεματικές ενότητες. Η πρώτη είχε τίτλο «Πόλεμος, Συγκρούσεις και Ταυτότητα» και διοργανώθηκε σε συνεργασία με το ομώνυμο πρόγραμμα του Πανεπιστημίου Yale. Σε αυτή την ενότητα δίδαξαν διακεκριμένοι ακαδημαϊκοί όπως οι: Στάθης Καλύβας (Yale University), Ian Shapiro (Yale University), José Ignacio Sanchez-Cuenca (Universidad Complutense, Madrid), Δημήτρης Καιρίδης (Fletcher School, Tufts University) και Daniel Branch (Yale University ). Η δεύτερη θεματική των σεμιναρίων με τίτλο «Προκλήσεις της διεθνούς Τεχνολογίας των ΜΜΕ και Πολιτική» διοργανώθηκε σε συνεργασία με το Κέντρο Επικοινωνίας και Δημοσιογραφίας DeWitt Wallace του Duke University. Σε αυτή την ενότητα το σεμινάριο δίδαξαν διακεκριμένοι επιστήμονες και ακαδημαϊκοί με ειδικότητα στα μέσα ενημέρωσης όπως η Ellen Mickiewicz (Duke University), Milan Smid (Charles University, the Czech Republic) και Marius Lukosiunas (UNESCO Moscow, a Cluster office for Armenia, Azerbaijan, Georgia, Belarus, Republic of Moldova and Russian Federation).
H συμμετοχή ήταν και φέτος εντυπωσιακή. Από ένα σύνολο αιτήσεων πλέον των 200, συμμετείχαν 40 φοιτητές, ερευνητές και δημοσιογράφοι, από τις ακόλουθες χώρες: Ελλάδα (11), Σερβία & Μαυροβούνιο (5), Βουλγαρία (2), ΗΠΑ (2), Λίβανο (1 ), Κιργιζία (3), Πολωνία (2), Βέλγιο (1), Τουρκία (2), Κολομβία (1), Κύπρο (1), Κροατία (1), Τατζικιστάν (1), Ουκρανία (1), Ρουμανία (2 ), Γκάνα (1), Ιταλία (1), και Καναδά (2).
Οι φοιτητές του προγράμματος εκτός από τα ημερήσια σεμινάρια και τις δραστηριότητες στην Ολυμπία, συμμετείχαν σε εκπαιδευτικές εκδρομές γνωριμίας με τον ελληνικό πολιτισμό, σε αρχαιολογικούς χώρους και μουσεία. Εμπνεόμενα από τις αρχές του Ολυμπισμού, τα θερινά σεμινάρια αποτελούν πλέον ένα θεσμό που έχουν αγκαλιάσει οι τοπικοί φορείς και έχουν καταξιωθεί στη συνείδηση της εγχώριας αλλά και διεθνούς ακαδημαϊκής κοινότητας για την πολύ υψηλού επιπέδου ποιότητα των διαλέξεων σε κρίσιμα θέματα. Τέλος, τα σεμινάρια αναδεικνύουν και επιβεβαιώνουν τον πρωταγωνιστικό ρόλο της Ελλάδας στη Νοτιοανατολική Ευρώπη και την Ανατολική Μεσόγειο.